Nem próbáltam ugyan, de a ClamAv egy natív linuxos vírusirtó..
próbáld ki, hátha talál valamit a win partíción.
Azt érdemes tudni róla, hogy nem tisztítja a fájlokat, hanem törli, vagy áthelyezi őket.
Erre figyelj oda, mert könnyen a win újratelepítése lehet belőle.
Kapcsolói/használata:
http://szit.hu/doku.php?id=oktatas:linux:v%C3%ADruskezel%C3%A9s
Itt is találhatsz sok jótanácsot, bár az oldal angol nyelvű:
http://askubuntu.com/questions/399025/how-to-scan-my-flash-drives-for-windows-viruses-while-on-linux-not-clamav?rq=1