A pendrive belsejében egy flash chip van. Annak van valamekkora írási sebessége (írásai lassúsága).
Aztán ott van az USB port, aminek szintén van egy adott max. sebessége.
Ezek a korlátok. Egyikről se mondtál semmit :(
A linuksz az eszközökhöz társít egy puffermemóriát, amiben a saját gyorsítása érdekében átmenetileg tárol valamennyi adatot. Amíg ebbe ír, addig gyorsnak látszik. Ha ez megtelt, akkor nincs más hátra, tényleg a penre kell írni, ami meg még mindig lassú. Ha ezt megtetézed azzal, hogy nem egy file-t írsz, hanem egyszerre többet indítasz, akkor ezek még veszekedni is fognak egymással.
Ha meg netán a rossz pen, rossz csatlakozó, rossz táp miatt gubancok lépnek fel, akkor az isten óvja az adataidat.
Ha nagyon gyanús a dolog, nézz dmesg listát, hátha tényleg hibás valami.