Feltételezésem szerint grafikus fájlkezelők esetében nem a háttérben zajló fájlok átmozgatása kerül több időbe, mint az MC esetében, hanem a fájlkezelők grafikus megjelenéséből, és a hozzá tartozó bélyegképek legenerálásából, azok újraindexeléséből eredő extra munka növeli meg a teljes időtartamot. (És akkor most eltekintettem attól, hogy a grafikus fájlkezelők több erőforrást használnak, így az egész művelet lomhább.)
Nem ismerem az általad használt programokat, és nem ástam bele magam a témába, de talán a valahogy ki lehet kapcsolni a folyamatot lassító extra szolgáltatásokat.
Lehetséges, hogy amennyi idő alatt megoldást találnál a problémádra, annyi idő alatt lazán végezhetnél is a feladattal.