Ezekkel van a baj:
Ad 1, ez a parancs szintaktikailag hibás volt, ráadásul nem létező fájlra mutatott:
ln -s /opt/Aptana_Studio_3/AptanaStudio3 /usr/local/bin/AptanaStudio3
helyette ezt kellett volna kiadni:
ln -s /usr/local/bin/AptanaStudio3 /opt/AptanaStudio3
Ad 2, ha így nem fut az AptanaStudio3
parancsra, akkor
chmod +x /opt/AptanaStudio3
De látom ezt már @klt leírta.
Azt a figyelmeztetést meg nyugodtan figyelmen kívül hagyhatod.