Két vinyó van a gépeden vagy egy vinyó, és egy vinyón van a C meg a D?
A C meg a D az két létező partíció (akár külön-külön HDD-n, akár egyen). Neked a linuxhoz kell egy újabb partíció (C és D az vagy FAT vagy NTFS filerendszer, neked meg a Linuxhoz olyan kell, amit a Linux szerint, pl. ext3)
Ahogy elindul az ubuntu és az asztalon a telepítésre kattintasz, egyértelmű lesz a dolog.