Ha már unjátok a matekot, elmondom a kedvenc székely viccem:
-Barkóbázunk?
-Barkóbázzunk!
-Emitten is van, meg amottan is van?
-Igen!
-Induri is, meg pinduri is?
-Igen!
-Bodorodik is, meg pödörödik is?
-Igen!
-Rákérdezhetek?
-Igen
-Dezoxiribonukleinsav....
Ahogy gondolom már kitaláltátok, ma egy kicsit a természettudományokba kontárkodunk bele, azonbelül is a szintén tekintélyes méretű biológia programcsomag egyik alkalmazásáról fogok egy rövid posztot írni. A dilemmám most is a szokásos: bőség... bőség... bőség... az elérhető programok közül melyiket is válasszam bemutatásra ? Rövidre fogva: a szerzői önkény alapján a választásom most éppen a RasMol -ra esett. :)
A Rasmol egy olyan ingyenes szoftver, melynek segitségével a molekulák szerkezetét tudjuk a lehető legváltozatosabb módokon megjeleníteni, így hasznos okatatási segédlet lehet a DNS, proteinek és kisebb molekulák szerkezetének megjelenitésére. (de persze kutatáshoz is felhasznalható) Használata könnyű és segítségével szép, színes 3 dimenziós ábrákat hozhatunk létre. A hangsúly azonban a megjelenítésen van: a program semmilyen lehetőséget nem kínál a molekulák elkészítésére (aminek egyébként -valljuk meg- nem is lenne sok értelme: nyílván senki nem fog RNS molekulákat szénatomokból, egyesével összelegózni)
Akkor tehát hogyan kezdjünk bele a szoftver használatába? Legésszerűbben akkor járunk el, ha először mondjuk forrásanyagokért ellátogatunk egy internetes fehérje adatbankba: http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
Ez az oldal már önmagában megérne egy komolyabb cikket, a tekintélyes méretű adatbázison kívül még rengeteg más, hasznos anyag is letölthető innen tanuláshoz vagy kutatáshoz egyaránt. (gyakorlatilag egy kisebb könyvtárnyi )
A RasMol használatához azonban nekünk nem kell mást tennünk, mint hogy a kereső bárba beírjuk a vizsgálni kívánt makromolekula katalógusos ID számát. (ez egyszerűen megtudható: ha a wikin, a tankönyvedben vagy bárhol máshol rábukkansz egyre közülük, akkor egyszerűen csak kopipasztézd be onnan)
Vizsgáljuk meg mondjuk a szarvasmarha citokróm enzim molekulaszerkezetét! :)
Ennek a molekulának az ID-je: 1cyo
Ez alapján megtalálhatjuk a róla készült röntgen-diffrakciós adatszerkezet, PDB (Protein Data Base) formátumban. A RasMol rendeltetése, hogy ezeket a laboratóriumi adatokat hétköznapi emberi agy számára is könnyen feldolgozható formában jelenítse meg. Ehhez rengeteg megjelenítési módot és színező eljárást kapunk. Ha pédául valaki csak az adott mulekula térbeli szekezetére, a "vonal csavarodásaira" kíváncsi, annak célszerű abackbone (gerinc) vagy ribbon (szalagos) nézetet választania, míg mondjuk hidroxil-gyökök után a balls&sticks (golyók és pálcikák) segítségével kutathatunk, a hidrogén atomok kiszinezésével téve egyszerűbbé a munkánkat.
(és akinek bírja a gépe, annak még további számos --szerintem nem kommersz számítógépekre szánt-- grafikus funkció is a rendelkezésére áll, mint pédául a molekulán belüli elektronok mozgását szemléltető (és eszméletlenül összetett) felület kirajzolása. )
Készítettem néhány képernyőfelvételt is ugyanarról, de különböző megjelenítési módokban ábrázolt molekuláról, hogy egy kicsit szemléletesebb legyek:
http://www.keepandshare.com/userpics/r/i/t/a/na/2013-02/sb/pillanatfelvetel3-74316861.jpg?ts=1360238598
http://www.keepandshare.com/userpics/r/i/t/a/na/2013-02/sb/pillanatfelvetel4-29036564.jpg?ts=1360238594
http://www.keepandshare.com/userpics/r/i/t/a/na/2013-02/sb/pillanatfelvetel5-95266986.jpg?ts=1360238568
Ugyan a rendeltetésében eléggé specifikus ez a prgram, de aki bioszt vagy biokémiát tanul, az biztos jó hasznát veszi majd és persze a laikusoknak is mindenképp érdemes legalább egy egyszeri kipróbálás erejéig feltelepíteni a linuxukra.
Sok sikert és jó tanulást hozzá! :)
R