hepalyVan ilyen titkosítási eljárás, az ecryptfs. Intrepidben létrehozhatsz egy "Private" könyvtárat a saját könyvtáradon belül és minden ami abba kerül titkosítva lesz. Kicsit macerás a használata, mert minden kényes adatot (pl. ~/.gnupg, ~/.evolution) ott kell tárolni és belinkelni az eredeti helyére.
Jauntyra sokat fejlődött, már titkosítható az egész saját könyvtárad (a fájlnevek is titkosítottak lesznek), sőt megoldható, hogy csak egy külső adathordozó csatolásával tudj bejelentkezni. Bár ez utóbbinak üldözési mániában szenvedőkön kívül (szerintem) nem sok értelme van. Dustin Kirkland (a cucc egyik fejlesztője) elég sokat blogolt a témában, ott részletesen olvashatsz a beállításokról, hiányosságokról, stb.